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代谢指纹法根据细菌对碳源（或氮源）利用的差异来区别和鉴定细菌。通过肉眼观察或计算机控制的读数仪，将反应结果同数据库中的细菌代谢指纹进行对比，从而得到细菌的鉴定结果。

       代谢指纹法根据细菌对碳源（或氮源）利用的差异来区别和鉴定细菌。不同的细菌会利用不同碳源（或氮源）进入新陈代谢过程（称为呼吸），而对其它一些碳源（或氮源）则无法利用。将每种细菌能利用和不能利用的一系列碳源（或氮源）进行排列组合，就构成了该种细菌特定的代谢指纹。细菌在利用碳源进行呼吸时，会发生一系列的氧化-还原反应，产生电子。TTC（四唑紫，2，3，5-Triphenyl Tetrazolium Chloride）在吸收电子后，会由无色的氧化型转变为紫色的还原型。通过肉眼观察或计算机控制的读数仪，将反应结果同数据库中的细菌代谢指纹进行对比，从而得到细菌的鉴定结果。

3.自定义数据库：对于新发现的细菌，用户可以将该菌的特征性代谢图谱输入用户自定义数据库，当再次遇到同种细菌或真菌时，就可以利用用户自定义数据库和原数据库一起进行鉴定。