柱压与硅胶基质的形态（如无定形或球形硅胶）、颗粒大小、填料合成条件、装柱条件、所用流动相和分析时的温度有关。
不同厂家的亲和色谱柱柱压会有所差别，相同流动相和温度的条件下，不同厂家的新亲和色谱柱有的柱压可能相差4、5 个MPa，特别是低端和优异亲和色谱柱之间，这一区别比较明显。这是由亲和色谱柱厂家所选用的硅胶基质及其生产条件决定的，这种差异的存在是正常的。同时需要说明的一点是，柱压与柱效有一定的关系，通常柱效高的亲和色谱柱柱压相对而言会高一点，但柱压高的亲和色谱柱并不一定就具有高柱效。
在亲和色谱柱的使用过程中柱压通常会出现两种升高的形式：**种是，随着使用时间的延长亲和色谱柱柱压慢慢上升，这是正常的；第二种是，使用过程中（流动相和温度没有改变的条件下）亲和色谱柱压力突然升高很多。这种压力突然升高的现象，通常是由工作人员操作不当引起的，原因：
1)样品太脏，使用前没有过滤，导致柱筛板堵塞。
2)样品含有的杂质在流动相中的溶解性不是很好，与流动相混合后析出，导致柱塞板堵塞。
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