1932年德国柏林工科大学的年轻研究员卢斯卡*想到利用电子束进行成像并制成了世界上台电子显微镜，50多年后终于得到科学界的认可并因此获得了诺贝尔奖。电子显微镜的发明为人类探索微观世界开启了一扇大门。
目前电子显微镜主要应用的两个领域是材料科学和生命科学。在材料科学领域主要是进行材料原子水平的结构与成份分析，需要超高分辨率的电子显微镜和原位分析技术；在生命科学主要研究细胞、病毒、生化物质定位、生物大分子等，需要中等分辨率的电子显微镜和专门的样品制备技术。近年发展的高分辨冷冻电镜三位重构技术，将电镜在生命科学研究的应用推到了一个崭新的高度。
随着近几年高校科研发展及企业的升级改造，电子显微镜这类大型仪器数量也开始逐渐多起来了，有了设备之后，具体的应用方法也是一个很大问题，电镜中心在分析测试方法方面也做了很多努力。这些应用不仅仅是材料领域，还有一些是在生命科学领域。，近年来各种病毒如SARS冠状病毒、禽流感（H5N1）病毒、以及目前正在蔓延的甲型H7N9型病毒等不断威胁着人类的健康和生命。人类在抗病毒过程中关键要研究病毒、了解病毒，才能够采取进一步应对措施；电子显微镜是目前研究病毒的效工具。
