污染是导致细胞培养失败的一个主要因素，因而，二氧化碳培养箱的制造商们设计了多种不同的装置去减少和防止污染的发生，其主要途径都是尽量减少微生物可以生长的区域和表面，并结合自动排除污染装置来有效防止污染的产生。
例如，鉴于CO2培养箱在使用过程中有时会伴有霉菌生长，为确保培养箱免受污染且保证仪器箱体内的生物清洁性，开发设计了带有紫外清洁功能的增强型CO2培养箱；*铜外壳HEPA滤器能过滤培养箱内空气，可过滤除去99.97的0.3um以上的颗粒(上海润度生物提供的培养箱可过滤除去99.97的0.2um以上的颗粒)，并能有效杀死过滤时被挡在滤器内的微生物颗粒；此外，自动杀菌装置能使箱内温度达到90℃或更高温度从而杀死污染微生物，当它与HEPA系统结合使用就能够极大的减少污染。这些装置对于细胞培养来说是*，但选择何种清洁装置呢？当然功能越多越好，但是价格也会随之上升。如果经费有限，只能选择一个价格较便宜的，这时就应该配合使用一些消毒剂和除菌剂，经常进行消毒灭菌，也能达到贵仪器的效果，只是比较麻烦一点而已。
总之，无论选择何种装置，都要时刻注意保持培养箱的清洁，经常清理箱体，这样才能增加仪器的使用寿命，并使实验顺利进行，保证结果的可靠性。
