色谱法的分离原理是溶于流动相(phase)中的各组分经过固定相时，由于与固定相(stationaryphase)发生作用（吸附、分配、离子吸引、排阻、亲和）的大小、强弱不同，在固定相中滞留时间不同，从而先后从固定相中流出的分离过程，其实质是一个吸附与解吸附的平衡过程。
色谱柱与流动相的温度，影响着组分的分离平衡，的作用有以下几点：
1、可以使保留时间相对恒定，对需要进行的定性鉴别可提高其可信度；
2、保留时间相对恒定是进行定量的基础，不同的保留时间不仅不能判断其成份的一致性，同时，由于保留时间不同峰面积也必将发生变化，其检测结果的可信度将受质疑。
3、温差较大时，因保留时间不稳将增加检测工作的麻烦。
4、温度低的时候，因流动相黏度增加而使检测时间延长，同时增加泵的磨损，影响设备的使用寿命。
5、温度低的时候还因溶解度相对下降而出现缓冲盐结晶而堵塞泵、进样阀、管道、色谱柱的现象。
6、温度低时还因溶解度下降使杂质吸附在填料上而难于洗脱，从而影响色谱柱的使用寿命。
对于流动相温度的控制目前没有很好的方法，即使是整个室内使用空调也难于使流动相的温度保持一致，因此，目前大多采用控制柱温的方法，使用色谱柱温箱能耗低，控温精度高，是液相色谱仪*的辅助设备，药品标准中，有不少品种对柱温也有明确要求。
